Pengendalian adalah semua metode, prosedur, atau kebijakan yang memastikan adanya perlindungan dari aset organisasi, keandalan dan keakuratan catatannya dan kepatuhan operasional untuk standar manajemen.

Pengendalian dibagi menjadi beberapa bagian oleh beberapa lembaga, Menurut IAI dan COSO, pengendalian dibagi menjadi dua yaitu Pengendalian Umum (General Control) dan Pengendalian Aplikasi (Application Control)

Pengendalian Umum (General Control)

Pengendalian umum adalah kebijakan secara menyeluruh untuk semua bidang organisasi/perusahaan dan mencakup kebijakan praktek yang didirikan oleh manajemen untuk memberikan keyakinan yang memadai untuk mencapai tujuan tertentu. Tujuan dari pengendalian umum ialah menjamin integritas data, program yang ada dalam sistem komputer dan untuk menjamin pengembangan implementasi aplikasi yang tepat.

Menurut IAI, pengendalian umum meliputi unsur-unsur berikut ini :

1. Pengendalian Organisasi dan Manajemen

  Meliputi pemisahan fungsi serta kebijakan dan prosedur yang berkaitan dengan fungsi pengendalian.

2. Pengendalian terhadap Pengembangan dan Pemeliharaan Sistem Aplikasi

    Untuk memperoleh keyakinan bahwa sistem PDE telah dikembangkan dan dipelihara secara efisien dan ada otoritasnya.

3. Pengendalian terhadap operasi sistem, untuk hal-hal sebagai berikut :

    a, Sistem yang digunakan hanya untuk hal-hal yang telah ada otorisasinya.

    b. Akses ke operasi komputer hanya diijinkan kepada mereka yang telah memiliki otorisasi.

    c. Program yang digunakan juga yang hanya ada otorisasinya.

    d. Kesalahan pengolahan dapat dideteksi dan di koreksi.

4. Pengendalian terhadap perangkat lunak sistem

    Untuk meyakinkan bahwa perangkat lunak sistem dimiliki dan dikembangankan secara efisisien, serta diotorisasikan.

5. Pengendalian terhadap entri data dan program

    Struktur Otorisasi ditetapkan dengan jelas atas transaksi, serta akses ke data dan program dibatasi hanya kepada mereka yang mempunyai otorisasi.

6. Pengendalian terhadap keamanan PDE

    Menjaga PDE lain yang berhubungan dengan PDE bersangkutan, misalnya digunakannya salinan cadangan di tempat yang terpisah, prosedur pemulihan ataupun fasilitas pengolahan di luar perusahaan dalam hal terjadi bencana.

Keenam kategori tersebut dapat diklasifikasikan menjadi tujuh jenis pengendalian umum, yaitu :

a. Pengendalian organisasi dan manajemen

b. Pengendalian software dan hardware

c. Pengendalian akses

d. Pengendalian data dan prosedur

e. Pengendalian pengembangan sistem baru

f. Pengendalian pemeliharaan sistem dan program

g. Pengendalian dokumentasi

Pengendalian Aplikasi (Application Control)

Pengendalian aplikasi adalah pengendalian dalam hal pekerjaan-pekerjaan yang dilakukan dalam suatu proses pengolahan data sehingga akan berhubungan dengan keteliatan dan kelengkapan data yang diproses melalui aplikasi tertentu. (Mulyadi 2001, 183)
Tujuan dari pengendalian aplikasi ini adalah untuk memenuhi persyaratan pengendalian yang harus diterapkan pada aplikasi tertentu sehingga data hasil pemrosesan aplikasi tersebut mampu diyakini keandalannya.

Berikut adalah jenis-jenis pengendalian aplikasi :
1. Input Control
    Pengendalian input didesain untuk menjamin agar transaksi valid, lengkap dan akurat,
    Input Control dibagi menjadi :
    a. Source document control
    Menggunakan dokumen sumber yang berurutan serta secara periodik melakukan audit atas dokumen sumber.
    b. Data coding control
        mengecek integritas data yang digunakan dalam pemrosesan,
    c. Validation control
        Untuk mendeteksi kesalahan dalam data transaksi sebelum diproses.
    d. Input error correction
     Ketika error terdeteksi dalam batch, harus segera dikoreksi dan record di submit ulang untuk diproses ulang.
    e. Generalized data input system
        Teknik yang secara sentralisasi dilakukan untuk mengelola data yang diinput di seluruh sistem pemrosesan dalam organisasi.
 
2. Pengendalian Proses
    Pengendalian ini berperan apakah proses telah dilakukan dilakukan secara benar, sesuai dengan intruksi, diproses hanya satu kali tanpa ada pemrosesan ganda dan diproses secara tepat. Pengendalian proses ini menurut Anies, S. M. Basalamah memeliki beberapa jenis pengendalian, sebagai berikut :
  a. Pemliharaan ketepatan data, yang dapat dilakukan dengan cara berikut :

• Batch Control total
• Run to run Control total
• Transcation log
• Fallback procedures
• Restart Procedure
• Recovery Procedures